乌孜别克族信仰伊斯兰教。自18世纪越来越多的人定居新疆后，他们便建造了一些较大的清真寺。这些清真寺是当地伊斯兰教体系的一个组成部分。各类宗教职业者是伊斯兰活动的具体执行者和组织者，如阿訇、毛拉、卡孜、阿拉木、伊麻木、买曾等。

　　解放前，伊斯兰教在乌孜别克族人民生活中起着举足轻重的作用。宗教特权全面干预着人们的社会生活和家庭生活，主持教民出生、婚姻、丧葬、节日等各种仪式活动，使乌孜别克族的生活处处受到宗教教规的干预和约束。宗教职业者的职权远远超出了宗教活动的范围。所设的宗教法庭，有一套完整的组织机构。由阿訇提任庭长，卡孜提任审判官，还有传讯人犯，执掌行刑和为宗教法庭服务的法吏，有的还备有刑具和临时看押犯人的看守所。宗教法庭的判决是至高无上的。民事纠纷、财产纠纷、婚姻案件，甚至刑事案件都要由宗教来审理判决。

　　乌孜别克的青少年主要受宗教教育。旧中国的一些乌孜别克族学校实际上是宗教学校，被称为“背涌古兰经学校”或“经文学校”。宗教学校是宣传宗教并培养宗教职业者——阿訇的学校，分为初、中、高三等。讲授的课文内容主要是阿拉伯文“古兰经”的经文。学校的教师由毛拉、阿訇担任。具体的课程内容不一，取决于讲授者。大体上，初等宗教学校的课程有以下几种：1.宗教仪式和祈祷文2.阿拉伯字母3.《古兰经》节要4.《古兰经》全文。一般学完这些课程需要十年。其后便学宗教法、阿拉伯文法、伊斯兰教教规等等。
　
　　在这种宗教学校读书，每个学生入学时都要向毛拉送礼，每周“主麻日”前要缴一、二个馕作学费。农村的学生在农忙时还要给毛拉作各种无偿的劳动。由于学样体罚严重，当家长把孩子送到学校时，总要对毛拉说“孩子的肉归你，骨头归我”。因此，学生的身心健康都受到极大的摧残。

　　对于教徒来说，“古兰经”是神圣不可侵犯的“圣物”。教徒要遵守念、礼、斋、课、朝五功。清真寺和“麻北”(墓地)是十分清净的“圣地”，路过“麻北”。不得随地吐痰，更不可在其附近大小便 。

　　解放后，废除了干预司法的宗教法庭，取消了“吾受儿”和“札卡特”等宋教深税。乌孜别克族人民既有信教的，也有不信教的自由，信教的群众也能够参加政党的宗教活动。但不必再受伊斯兰教一些旧的不合理的清规戒律的束缚，也不会再受到宗教上层分子的残酷的政治统治和惩罚。妇女也不再认为是“真主”赐给男子财产的一部分，开始与男子取得了平等的社会和家庭地位。