解放前，纳西族信仰东巴教、喇嘛教、佛教、道教以及天、地、山、水等自然神，具有多神信仰的性质。

东巴教是纳西族自己固有的一种多神教。

奉“丁巴什罗”为始祖。纳西语叫它的巫师为“东巴”(永宁等地叫“达巴”)，故称东巴教。东巴教有一种用象形文字书写的经书，叫东巴经。传说东巴教本是喇嘛教的一支，丁巴什罗原住在拉萨附近，在同喇嘛一块学经时，因与红教大喇嘛斗法失败，遂创立东巴教。纳西族还普遍认为中甸的北地是“东巴教的圣地”。民间有“北地东巴大”、“不到北地，不算大东巴”之说。

东巴教没有系统的教义，没有寺庙，没有统一的组织。充当东巴者多属劳动人民，不脱离生产。东巴教一般是世袭相承，拜师收徒者极少。东巴除在宗教活动中取得一定报酬外，在人民当中无其他特权。东巴之间只有能力高下之分，尚未出现凌驾于一切东巴之上的教主。

东巴教法事也较为简单，只有神像、法权(刀、叉)、铃、钹、五幅冠等。所以，尽管它有时也供奉“观音”等佛教神祗，做法事时与道事相近，但仍保留着较多的原始巫教的色彩。

东巴教供奉的神祗，与钵教(又称黑教，系藏族喇嘛教的一派)大体相同，做法事时采用不少藏文经咒；经书中不仅有藏语借词，而且还记载着有关喇嘛教的事迹。可见，东巴教在它的历史发展过程中，受到了藏族喇嘛教的很大影响，但直到解放前夕，还保存着许多原始巫教的内容。东巴教信仰和宣扬“万物有灵，灵魂不灭”的思想，认为天、地、日、月、山、水、风、火等等自然现象和自然物，均有神灵，崇拜自然，也崇拜鬼魂和祖先。东巴经现存五百多种，离奇古怪，迷信色彩较浓厚。而东巴教频繁的宗教活动又涉及到纳西族人民日常生活的一切方面，这些活动所花费用巨大。东巴经书中记载着许多有关纳西以往的社会历史、家庭婚姻、语言文字以及优美的神话传说和诗歌，起到了保存纳西族珍贵资料的作用。

纳西族地区的喇嘛教，有红教和黄教，丽江地区信奉红教，永宁等地信奉黄教。红教约在明代以前传入丽江地区。丽江的五大喇嘛寺，即福国寺、玉峰寺、指云寺、文峰寺、普济寺等，先后建于明代至清乾隆年间，皆属红教。与维西等地的达摩寺、兰经寺等八大寺被称为红教十三寺，尊“格马巴”为教主。五大寺内部组织相同，喇嘛中有不同等级和职位之分。“活佛”地位最高，以“转世”方式产生。红教喇嘛还有一种特殊的“静坐堂”。红教喇嘛基本上是纳西族。永宁等地的喇嘛，属于黄教。据调查于明代前从川西传入，随即建寺。寺庙的组织和喇嘛的等级与藏区黄教相同。喇嘛寺拥有雄厚的经济基础，是当地的封建大地主，也是土司统治人民的直接工具。喇嘛教对永宁等地纳西族人民的思想意识、生产和生活，以及婚姻家庭都产生了深刻的影响。

佛教约于元代传入丽江地区，并建有不少寺庙。佛教僧侣也拥有大量土地，但其经济政治势力不及喇嘛教，且在丽江地区数量也不多，其影响不及喇嘛教深广。道教的情况大致与佛教相似。

近百年来，天主教和基督教相继传入纳西族地区，在丽江、维西等地建立了教堂。但是由于遭到纳西族人民的抵制和反对，直到解放前夕，教徒仍寥寥无几。