纳西族的主要聚居地--丽江纳西族自治县，早在远古时期，就是人类活动的重要地区之一。纳西族与古代羌人有渊源关系，是“牦牛羌”(牦与旄、牦、髦为同音异写字)人的后裔。根据《后汉书·西羌传》记载，羌人部落中的一支人，因欲摆脱秦国的威胁，在忍季父印的率领下，到大渡河、雅砻江流域一带，游牧生活于我国古代的邛(今四川西昌地区)、筰(今四川汉源一带)地区，旄人部落很早便与周王朝建立了密切的关系。

秦朝统一六国时，旄人部落分布的邛、筰地区，便纳入秦王朝郡县制的管辖之下。西汉朝廷曾先后派遣著名文学家司马相如和杰出的历史学家司马迁入蜀，经略旄人在内的西南各族。东汉明帝永平中期(公元74年)，旄牛徼外的白狼部落曾向东汉朝廷进献"白狼歌"三章，并对汉朝回赐以布帛表示感谢，表示愿意慕义向化，移俗归汉。诸葛亮南征后，派张嶷任越嶲太守，对旄人部落采取了恩威并施的政策。最后张嶷开通了旄牛至成都的旧道，恢复了两汉时期的旧亭驿，得到旄牛地区的丰富物资，有力地支援了蜀汉政权。此后，旄人部落即与周围其他兄弟民族杂居，发展彼此之间的经济文化交往。

约在公元三世纪末(西晋时期)，彝族进入邛都地区，促使原住在邛、筰的纳西族先民大批南迁，陆续定居于四川的木里、盐边，云南的永宁、丽江、宾川、永胜、大姚等地。

唐、宋两朝是纳西族历史上发展的重要时期。当时，纳西族在中央皇朝的统治下，除受汉族的强大影响外，由于地处吐蕃(藏族建立的地方政权)和南诏(彝、白为主体建立的地方政权)之间，在政治、经济、文化上又受到藏、彝、白族很大的影响。到十世纪中叶，丽江纳西族酋长牟西牟磋自立为"摩挲诏大酋长"，从此，丽江成为纳西族政治、经济、文化的中心。

元、明两朝是丽江封建领主经济建立和发展的时期。当时，丽江的土特产品达数十种，都是重要的输出物资，由纳西族马帮贩至四方。同时，汉、藏、白族商人也不断地进入丽江地区，促进了商业的繁荣。纳西族与汉、藏、白族经济联系的加强，促进了文化思想的进一步密切。元、明以来，历代丽江的土司，都大量吸收周围民族的文化，兼收并蓄各民族的宗教，从而使丽江迅速发展成为滇西北著名的经济文化重镇之一。

清顺治十六年(1659年)，丽江纳西族土司木懿首先投靠清朝廷。在吴三桂的叛乱中，土司木尧调集部众抵抗吴叛逆兵。在清朝平定吴三桂和其他地方统治者的历次叛乱中，纳西族人民都为维护祖国的统一做出了贡献。

封建土司的剥削统治及当时的频繁战争和赋税苛派，纳西族人民被迫于雍正元年(1723年)起来反抗木土司的暴政。后在清朝廷的一系列有效的措施下平息了劳动人民的反抗，扩大了中央封建皇朝在丽江的影响，推动了丽江纳西族社会由封建领主制向封建地主制的过渡。