哈尼族有悠久的历史，与彝、拉祜等族同源于古代氐羌族群。据汉文史籍记载，原游牧于青藏高原。公元前3世纪，秦国进行大规模征服近邻部落的活动，于是原居于青藏高原的氐羌族群中出现了众多的羌人名号，散迁各地，其中一部分往南迁徙，散居于川西南、滇东北、滇西北广大地区，这一部分南迁的氐羌系统部落群，就是近代汉藏语系藏缅语族各兄弟民族的祖先。此时，史籍中出现了"和夷"的名称，这可能是哈尼族最早见于记载的先民。

隋唐时期，哈尼族和彝族的先民同被称为“乌蛮”。唐初，哈尼族先民逐渐从“乌蛮”中分化，分布于哀牢山、无量山区的哈尼族称为“和泥”，滇东南六诏山区出现了“和蛮”部落，开始与中原有了经济和政治上的联系。“和泥”一名为哈尼族自唐代至清代最普遍的历史名称，且为自称之一。现在通用的“哈尼”一名为其人口最多的一个自称。哀牢山区哈尼族认为，“哈尼”一词是构成强悍、勇猛和女性的词素，两个音都有独立的意义。“哈”在哈尼语中含有强悍、勇猛的意思。“尼”和“咪”是同意的转音，不仅具有“人”的概念，而且有“女性”的含义，反映了哈尼族名称产生于盛行图腾崇拜的母系氏族时代。哈尼族历史名称繁多，主要是当时氏族部落的不断分化繁衍所造成。而后来“哈尼”这一族称的相对统一，则反映了哈尼族在历史上曾有过较大的聚居区，有过较发达的经济和文化。

南诏崛起，各地哈尼族直接隶属于南诏。公元7世纪和8世纪期间，哈尼族正处于南诏奴隶制政权统治之下，阶级分化日趋明显。公元10世纪中叶，哀牢山区与六诏山区哈尼族，同“三十七部蛮”一起被组成南诏通海节度使段思平的主力，摧毁了杨氏“大义宁国”政权，哈尼族因功受大理国段氏的分封，开始建立奴隶制度。与此同时哀牢山区哈尼族进入封建领主制社会。其中因远部最强大，自称“罗槃国”，最高领主称“罗槃主”。

13世纪中叶，元朝灭大理国段氏政权，统一诸部，设云南行省，逐次平服各地哈尼族势力。哈尼族不甘压迫抗元。公元1284年，元朝派遣重兵，大屠罗槃城，随即废除哈尼族领主权力，后又改元江军民总管府为元江路，加强对哈尼族的控制。

明初，明将沐英征云南。元朝云南王调哈尼首领龙者宁抗明，龙氏反元迎明，摧毁元朝统治。明皇朝在哈尼族地区奖励农桑，兴修水利，发展生产。至14世纪中叶以后，又不断开辟驿道，疏通河运，改革币制，兴建市集等一系列措施，使哈尼族地区社会生产力获得较大的发展。

公元1659年，清兵进逼昆明，哈尼族、彝族举行反清大起义。1667年起义失败后，六诏山区哈尼族遂逐渐更改民族成分，融合于当地其他民族之中，有的则迁至红河南岸哀牢山区。从19世纪起，有一部分哈尼族人南下进入泰国、老挝、越南北部和缅甸东部。在频繁的南迁过程中，族称也多次发生变化。

太平天国时期，哈尼族首领田四浪任哈尼、彝族起义军副统帅，转战十余年。1917年，哈尼族女青年卢梅贝为首举行反土司起义。1950年1月，中国人民解放军解放滇南地区的哈尼族聚居区。