1997年3月14日，第八届全国人民代表大会第五次会议通过了国务院《关于提请审议设立重庆直辖市的议案》，批准设立重庆直辖市，管辖原重庆市、万县市、涪陵市和黔江地区所辖的区域。

重庆直辖市成立之初，辖区县（自治县、市）43个。其中，原重庆市辖渝中区、沙坪坝区、江北区、南岸区、九龙坡区、大渡口区、北碚区、渝北区、巴南区、万盛区、双桥区、合川市、江津市、永川市、綦江县、璧山县、大足县、荣昌县、潼南县、铜梁县、长寿县等11区3市7县；原万县市辖龙宝区、天城区、五桥区、忠县、开县、云阳县、奉节县、梁平县、巫山县、巫溪县、城口县等3区8县；原涪陵市辖枳城区、李渡区、南川市、丰都县、垫江县、武隆县等2区1市3县；原黔江地区辖黔江土家族苗族自治县、彭水苗族土家族自治县、石柱土家族自治县、酉阳土家族苗族自治县、秀山土家族苗族自治县等5县。

根据全国人大八届五次会议关于"重庆直辖市设立后，由国务院依据宪法和有关法律规定，对其管辖的行政区域的建置和划分作相应的调整"的决定和《中华人民共和国宪法》、《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》的有关规定，按照有利于改革开放、发展经济，有利于行政管理，有利于开发三峡库区，有利于民族团结和稳定的原则，重庆直辖市成立后对地、县一级的行政区划进行了调整。1997年12月20日，中共中央办公厅、国务院办公厅正式批复重庆市委、市政府《关于万县市、涪陵市、黔江地区行政体制调整方案》，对地、县一级行政区划作了如下调整：

(1)撤销万县市及其所辖的龙宝区、天城区、五桥区，设立重庆市万县区。万县区管辖原万县市三个区的行政区域。同时，设立重庆市万县移民开发区，开发区设置党的工作委员会和管理委员会，为重庆市委、市政府的派出机构，分别与万县区的区委、区政府实行一套机构两块牌子，受重庆市委、市政府委托，代管忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县6县，梁平县、城口县两县由重庆市直接管理。经国务院1998年5月22 日批准，万县区更名为万州区，万县移民开发区更名为万州移民开发区。

(2)撤销涪陵市及其所辖的枳城区、李渡区，设立重庆市涪陵区。涪陵区管辖原涪陵市两个区的行政区域。原涪陵市所辖的南川市、丰都县、垫江县、武隆县4个县（市）由重庆市直接管理。

(3)撤销黔江地区，设立重庆市黔江开发区，开发区设置党工委和管委会，为重庆市委、市政府的派出机构，受重庆市委、市政府委托，代管石柱土家族自治县、秀山土家族苗族自治县、酉阳土家族苗族自治县、黔江土家族苗族自治县、彭水苗族土家族自治县。

调整后，重庆市现共管辖万州区、涪陵区、渝中区、大渡口区、江北区、沙坪坝区、九龙坡区、南岸区、北碚区、万盛区、双桥区、渝北区、巴南区等13个区；长寿县、綦江县、潼南县、铜梁县、大足县、荣昌县、璧山县、梁平县、城口县、丰都县、垫江县、武隆县、忠县、开县、云阳县、奉节县、巫山县、巫溪县、黔江土家族苗族自治县、石柱土家族自治县、秀山土家族苗族自治县、酉阳土家族苗族自治县、彭水苗族土家族自治县等23个县（自治县）；江津市、合川市、永川市、南川市等4个县级市，共40个区县（自治县、市）。

1999年末，重庆市共有664个镇、833个乡、87个街道办事处、20，582个村、2540个城市居委会。